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1、物理消毒，水的物理消毒可用加热、过滤、紫外线、辐射消毒等方法。煮沸最常用，简便易行，效果可靠，适于少量水处理。过滤的方法简单有效，但只是除菌而不是杀菌，常用的有砂滤、石棉滤板、纤维酯滤膜等。紫外线240～280纳米波段杀菌力最强，适于小量水处理。常用直流式与套管式紫外线消毒器。
2、含氯制剂：含氯饮水消毒剂种类较多，如漂白粉、次氯酸钙、氯胺、二氯异氰尿酸钠等。由于水源水质不同，加氯量应根据需氯量试验来确定，经过混凝、沉淀、过滤的水或清洁的地下水，加氯量0．5～1．5毫克/升。水质较差则加1．0～2．5毫克/升(或1～4毫克/升)。加氯量是否适当，可请求当地疾病预防控制中心予以帮助。
3、二氧化氯：二氧化氯被称为第四代消毒剂，是WHO推荐的处理饮用水最安全的化学药剂，是消毒剂的更新换代产品。在消毒、去味、除铁等许多方面都比氯效果好，而且不产生三氯甲烷类致癌物质。它消毒水时，受水温的影响很小，对劣质水的杀菌效果比氯更好。
4、臭氧消毒：臭氧是一种强氧化剂，具有广谱高效杀菌作用。其杀菌速度比氯快600~3000倍。主要用于对饮水的消毒、空气消毒和食品的保鲜等。臭氧消毒方法，通常多以干燥空气或氧气通过臭氧发生器中的高压电场制备臭氧。消毒时，将溶有臭氧的吸收液与水充分混合即可。一般加臭氧量0．5～1．5毫克/升作用5分钟，水中保持剩余臭氧浓度应在0．1~0．5毫克/升，对于污染严重的水，加臭氧量应在3～6毫克/升。近年来有人研制了电解水的臭氧发生器，结构简单，体积小且重量轻，无噪声，产物中无有害的氯化物，可直接用于饮用水消毒。
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